Tento článek obsahuje seznam nejčastějších dotazů, které se můžou týkat Microsoft Genomics. Další informace o službě Microsoft Genomics najdete v tématu Co je Microsoft Genomics?. Další informace o řešení potíží najdete v našem průvodci odstraňováním potíží.
Návody spouštět pracovní postupy GATK4 ve službě Microsoft Genomics?
V souboru config.txt služby Microsoft Genomics zadejte process_name do gatk4. Mějte na paměti, že se vám budou účtovat pravidelné fakturační sazby.
Návody povolit kompresi výstupu?
Výstupní vcf nebo gvcf můžete komprimovat pomocí volitelného argumentu pro kompresi výstupu. To je ekvivalentem spuštění -bgzip následovaného výstupem -tabix vcf nebo gvcf, aby se vytvořily .gz (výstup bgzip) a .tbi (výstup tabix). bgzip zkomprimuje soubor vcf nebo gvcf a tabix vytvoří index komprimovaného souboru. Argument je logická hodnota, která je ve výchozím nastavení nastavena false pro výstup vcf a ve true výchozím nastavení pro výstup gcvf. Chcete-li použít na příkazovém řádku, zadejte -bz nebo --bgzip-output jako true (spusťte bgzip a tabix) nebo false. Chcete-li tento argument použít v souboru config.txt, přidejte bgzip_output: true nebo bgzip_output: false do souboru.
Co je smlouva SLA pro Microsoft Genomics?
Zaručujeme, že služba Microsoft Genomics bude k dispozici pro příjem požadavků API pracovních postupů v 99,9 % času. Další informace najdete ve sla.
Jak se využití služby Microsoft Genomics zobrazuje na faktuře?
Microsoft Genomics fakturuje na základě počtu gigabáze zpracovaných na pracovní postup. Další informace najdete na stránce s cenami.
Kde najdu seznam všech možných příkazů a argumentů pro klienta msgen?
Úplný seznam dostupných příkazů a argumentů můžete získat spuštěním msgen helppříkazu . Pokud nejsou k dispozici žádné další argumenty, zobrazí se seznam dostupných částí nápovědy, jeden pro každý z submit, list, cancela status. Pokud chcete získat nápovědu pro konkrétní příkaz, zadejte , msgen help commandnapříklad msgen help submit vypíšete všechny možnosti odeslání.
Jaké jsou nejčastěji používané příkazy pro klienta msgen?
Mezi nejčastěji používané příkazy patří argumenty pro msgen klienta:
| Příkaz | Popis pole |
|---|---|
list |
Vrátí seznam úloh, které jste odeslali. Argumenty naleznete v tématu msgen help list. |
submit |
Odešle žádost o pracovní postup do služby. Argumenty naleznete v tématu msgen help submit. |
status |
Vrátí stav pracovního postupu určeného parametrem --workflow-id. Viz také msgen help status. |
cancel |
Odešle žádost o zrušení zpracování pracovního postupu určeného uživatelem --workflow-id. Viz také msgen help cancel. |
Kde získám hodnotu "--api-url-base"?
Přejděte na Web Azure Portal a otevřete stránku účtu Genomics. Pod nadpisem Správa zvolte Přístupové klíče. Tady najdete adresu URL rozhraní API i přístupové klíče.
Kde získám hodnotu "--access-key"?
Přejděte na Web Azure Portal a otevřete stránku účtu Genomics. Pod nadpisem Správa zvolte Přístupové klíče. Tady najdete adresu URL rozhraní API i přístupové klíče.
Proč potřebuji dva přístupové klíče?
Pro případ, že je chcete aktualizovat (znovu vygenerovat), aniž byste přerušili používání služby, potřebujete dva přístupové klíče. Pokud například chcete aktualizovat první klíč, měli byste mít všechny nové pracovní postupy, které používají druhý klíč. Potom počkejte, až se dokončí všechny pracovní postupy, které používají první klíč, a teprve potom aktualizujte první klíč.
Ukládáte klíče účtu úložiště?
Klíč účtu úložiště slouží k vytvoření krátkodobých přístupových tokenů pro službu Microsoft Genomics ke čtení vstupních souborů a zápisu výstupních souborů. Výchozí doba trvání tokenu je 48 hodin. Dobu trvání tokenu lze změnit pomocí -sas/--sas-duration možnosti příkazu odeslat. Hodnota je v hodinách.
Ukládá Microsoft Genomics zákaznická data?
Ne. Microsoft Genomics neukládá žádná zákaznická data.
Jaké odkazy na genom můžu použít?
Podporují se tyto odkazy:
| Reference | Hodnota -pa/--process-args |
|---|---|
| b37 | R=b37m1 |
| hg38 | R=hg38m1 |
| hg38 (bez alternativní analýzy) | R=hg38m1x |
| hg19 | R=hg19m1 |
Návody formátovat argumenty příkazového řádku jako konfigurační soubor?
msgen rozumí konfiguračním souborům v následujícím formátu:
Všechny možnosti jsou k dispozici jako páry klíč-hodnota s hodnotami oddělenými od klíčů dvojtečka. Prázdné znaky se ignorují.
Řádky začínající na
#řádky se ignorují.Jakýkoli argument příkazového řádku v dlouhém formátu lze převést na klíč tak, že odstraní počáteční pomlčky a nahradí pomlčky mezi slovy podtržítky. Tady je několik příkladů převodu:
Argument příkazového řádku Řádek konfiguračního souboru -u/--api-url-base https://urlapi_url_base:https://url -k/--access-key KEYaccess_key:KEY -pa/--process-args R=B37m1process_args:R-b37m1
Další kroky
K zahájení práce s Microsoft Genomics využijte následující zdroje informací:
- Začněte spuštěním prvního pracovního postupu prostřednictvím služby Microsoft Genomics. Spuštění pracovního postupu prostřednictvím služby Microsoft Genomics
- Odeslání vlastních dat ke zpracování službou Microsoft Genomics: spárované FASTQ | BAM | Multiple FASTQ nebo BAM