Übermitteln eines Workflows mit einer BAM-Eingabedatei

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In diesem Artikel wird gezeigt, wie Sie einen Workflow an den Microsoft Genomics-Dienst übermitteln, wenn Ihre Eingabedatei eine einzelne BAM-Datei ist. In diesem Thema wird vorausgesetzt, dass Sie den msgen-Client bereits installiert und ausgeführt haben und mit der Verwendung von Azure Storage vertraut sind. Wenn Sie erfolgreich einen Workflow mit den bereitgestellten Beispieldaten übermittelt haben, können Sie mit diesem Artikel fortfahren.

Einrichten: Hochladen Ihrer BAM-Datei in Azure Storage

Angenommen, Sie haben eine einzelne BAM-Datei (reads.bam) als https://myaccount.blob.core.windows.net/inputs/reads.bam in Ihr Azure-Speicherkonto myaccount hochgeladen. Sie verfügen über die API-URL und den Zugriffsschlüssel. Als Ausgabeziel möchten Sie https://myaccount.blob.core.windows.net/outputs verwenden.

Übermitteln Ihres Auftrags an den msgen-Client

Der msgen-Client benötigt mindestens folgende Argumente. Zur besseren Übersichtlichkeit wurden Zeilenumbrüche eingefügt:

Windows:

msgen submit ^
  --api-url-base <Genomics API URL> ^
  --access-key <Genomics access key> ^
  --process-args R=b37m1 ^
  --input-storage-account-name myaccount ^
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --input-storage-account-container inputs ^
  --input-blob-name-1 reads.bam ^
  --output-storage-account-name myaccount ^
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --output-storage-account-container outputs

Unix:

msgen submit \
  --api-url-base <Genomics API URL> \
  --access-key <Genomics access key> \
  --process-args R=b37m1 \
  --input-storage-account-name myaccount \
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --input-storage-account-container inputs \
  --input-blob-name-1 reads.bam \
  --output-storage-account-name myaccount \
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --output-storage-account-container outputs

Falls Sie lieber eine Konfigurationsdatei verwenden möchten, muss diese Folgendes enthalten:

api_url_base:                     <Genomics API URL>
access_key:                       <Genomics access key>
process_args:                     R=b37m1
input_storage_account_name:       myaccount
input_storage_account_key:        <storage access key to "myaccount">
input_storage_account_container:  inputs
input_blob_name_1:                reads.bam
output_storage_account_name:      myaccount
output_storage_account_key:       <storage access key to "myaccount">
output_storage_account_container: outputs

Übermitteln Sie die Datei config.txt mithilfe des folgenden Aufrufs: msgen submit -f config.txt

Nächste Schritte

In diesem Artikel haben Sie eine BAM-Datei in Azure Storage hochgeladen und einen Workflow über den msgen-Python-Client an den Microsoft Genomics-Dienst übermittelt. Weitere Informationen zur Workflowübermittlung sowie zu anderen Befehlen für den Microsoft Genomics-Dienst finden Sie in den häufig gestellten Fragen.