Disculpa el tiempo en espera, no había podido responder.
Muchísimas gracias por la información suministrada. Voy a ir colocando acá la respuestas:
Soporte de Tipo de Archivo: Es excel normal de formato .xlsx (no veo nada extraño o particular).
Tamaño y Complejidad del Archivo: Esto lo descarto porque los archivos son variados en cuanto a peso. Unos pueden pesar 1MB y otros 100MB.
Permisos: Esto está super validado, por lo cual lo descarto completamente.
Problemas de red: No creo, hemos corrido el escaner tres veces y sigue fallando con esos archivos.
Discrepancia de esquema: El comando de Update-ScannerDatabase ya lo he ejecutado varias veces y reiniciado el servicio, pero el problema continua.
Ejecutar comprobaciones de diagnóstico: El comando Start-ScannerDiasnostics arroja:
Connectivity check for: https://login.windows.net/common completed successfully
Connectivity check for: https://dataservice.protection.outlook.com completed successfully
Connectivity check for: https://api.aadrm.com/ completed successfully
Database check completed successfully
Authentication token for demo\scan was acquired using interactive mode. Run Set-Authentication and use -AppId and -AppSecret parameters for non-interactive authentication: https://docs.microsoft.com/information-protection/rms-client/clientv2-admin-guide-powershell#how-to-label-files-non-interactively-for-azure-information-protection
Authentication check completed successfully
Content scan job check completed successfully
Lamentablemente soporte de Microsoft no nos ha podido solventar este inconveniente. Quizas no solventarlo, por lo menos saber a que se debe.