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Soumettre un workflow à l’aide d’entrées multiples d’un seul exemple

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Cet article montre comment soumettre un workflow dans le service Microsoft Genomics si votre fichier d’entrée est constitué de plusieurs fichiers FASTQ ou BAM provenant du même échantillon. Par exemple, si vous avez exécuté le même échantillon dans plusieurs couloirs sur le séquenceur, celui-ci peut sortir une paire de fichiers FASTQ pour chaque couloir. Au lieu d’effectuer une concaténation de ces fichiers FASTQ avant l’alignement et l’appel des variants, vous pouvez directement soumettre toutes ces entrées au client msgen. La sortie depuis le client msgen serait un ensemble unique de fichiers, y compris des fichiers .bam, .bai et .vcf.

Sachez toutefois qu’il est impossible de combiner les fichiers FASTQ et BAM dans la même soumission. En outre, vous ne pouvez pas envoyer plusieurs fichiers FASTQ ou BAM par plusieurs personnes.

Cette article suppose que vous avez déjà installé et exécuté le client msgen, et que vous savez comment utiliser Stockage Azure. Si vous avez correctement soumis un workflow à l’aide de l’exemple de données fourni, vous êtes prêt à appliquer la procédure décrite dans cet article.

Fichiers BAM multiples

Télécharger vos fichiers d’entrée dans Stockage Azure

Supposons que votre entrée soit constituée de plusieurs fichiers BAM, reads.bam, additional_reads.bam et yet_more_reads.bam, et que vous les ayez téléchargé dans votre compte de stockage myaccount dans Azure. Vous disposez de l’URL d’API et de votre clé d’accès. Vos sorties doivent être hébergées sous https://myaccount.blob.core.windows.net/outputs.

Envoyer votre tâche au client msgen

Vous pouvez envoyer plusieurs fichiers BAM en passant l’ensemble des noms à l’argument --input-blob-name-1. Notez que l’ensemble des fichiers doivent provenir d’un même échantillon ; l’ordre n’importe pas. La section ci-dessous donne des exemples d’envois d’une ligne de commande dans Windows, Unix et à l’aide d’un fichier de configuration. Pour plus de clarté, des sauts de ligne ont été ajoutés :

Pour Windows :

msgen submit ^
  --api-url-base <Genomics API URL> ^
  --access-key <Genomics access key> ^
  --process-args R=b37m1 ^
  --input-storage-account-name myaccount ^
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --input-storage-account-container inputs ^
  --input-blob-name-1 reads.bam additional_reads.bam yet_more_reads.bam ^
  --output-storage-account-name myaccount ^
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --output-storage-account-container outputs

Pour Unix :

msgen submit \
  --api-url-base <Genomics API URL> \
  --access-key <Genomics access key> \
  --process-args R=b37m1 \
  --input-storage-account-name myaccount \
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --input-storage-account-container inputs \
  --input-blob-name-1 reads.bam additional_reads.bam yet_more_reads.bam \
  --output-storage-account-name myaccount \
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --output-storage-account-container outputs

Si vous préférez utiliser un fichier de configuration, voici à quoi il doit ressembler :

api_url_base:                     <Genomics API URL>
access_key:                       <Genomics access key>
process_args:                     R=b37m1
input_storage_account_name:       myaccount
input_storage_account_key:        <storage access key to "myaccount">
input_storage_account_container:  inputs
input_blob_name_1:                reads.bam additional_reads.bam yet_more_reads.bam
output_storage_account_name:      myaccount
output_storage_account_key:       <storage access key to "myaccount">
output_storage_account_container: outputs

Envoyez le fichier config.txt avec cet appel : msgen submit -f config.txt

Plusieurs fichiers FASTQ appariés

Télécharger vos fichiers d’entrée dans Stockage Azure

Supposons que vous disposiez de plusieurs fichiers FASTQ dans votre entrée, reads_1.fq.gz et reads_2.fq.gz, additional_reads_1.fq.gz et additional_reads_2.fq.gz, et yet_more_reads_1.fq.gz et yet_more_reads_2.fq.gz. Vous les avez téléchargés dans votre compte de stockage myaccountdans Azure, et vous disposez de l’URL d’API et de votre clé d’accès. Vos sorties doivent être hébergées sous https://myaccount.blob.core.windows.net/outputs.

Envoyer votre tâche au client msgen

Les fichiers FASTQ ne doivent pas uniquement provenir du même échantillon, ils doivent être traités simultanément. L’ordre des noms de fichiers importe lorsqu’ils sont passés en tant qu’arguments à --input-blob-name-1 et --input-blob-name-2.

La section ci-dessous donne des exemples d’envois d’une ligne de commande dans Windows, Unix et à l’aide d’un fichier de configuration. Pour plus de clarté, des sauts de ligne ont été ajoutés :

Pour Windows :

msgen submit ^
  --api-url-base <Genomics API URL> ^
  --access-key <Genomics access key> ^
  --process-args R=b37m1 ^
  --input-storage-account-name myaccount ^
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --input-storage-account-container inputs ^
  --input-blob-name-1 reads_1.fastq.gz additional_reads_1.fastq.gz yet_more_reads_1.fastq.gz ^
  --input-blob-name-2 reads_2.fastq.gz additional_reads_2.fastq.gz yet_more_reads_2.fastq.gz ^
  --output-storage-account-name myaccount ^
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --output-storage-account-container outputs

Pour Unix :

msgen submit \
  --api-url-base <Genomics API URL> \
  --access-key <Genomics access key> \
  --process-args R=b37m1 \
  --input-storage-account-name myaccount \
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --input-storage-account-container inputs \
  --input-blob-name-1 reads_1.fastq.gz additional_reads_1.fastq.gz yet_more_reads_1.fastq.gz \
  --input-blob-name-2 reads_2.fastq.gz additional_reads_2.fastq.gz yet_more_reads_2.fastq.gz \
  --output-storage-account-name myaccount \
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --output-storage-account-container outputs

Si vous préférez utiliser un fichier de configuration, voici à quoi il doit ressembler :

api_url_base:                     <Genomics API URL>
access_key:                       <Genomics access key>
process_args:                     R=b37m1
input_storage_account_name:       myaccount
input_storage_account_key:        <storage access key to "myaccount">
input_storage_account_container:  inputs
input_blob_name_1:                reads_1.fq.gz additional_reads_1.fastq.gz yet_more_reads_1.fastq.gz
input_blob_name_2:                reads_2.fq.gz additional_reads_2.fastq.gz yet_more_reads_2.fastq.gz
output_storage_account_name:      myaccount
output_storage_account_key:       <storage access key to "myaccount">
output_storage_account_container: outputs

Envoyez le fichier config.txt avec cet appel : msgen submit -f config.txt

Étapes suivantes

Dans cet article, vous avez chargé plusieurs fichiers BAM ou des fichiers FASTQ appariés dans Stockage Azure et avez envoyé un workflow au service Microsoft Genomics via le client Python msgen. Pour plus d’informations sur la soumission du workflow et les autres commandes pouvant être utilisées avec le service Microsoft Genomics, consultez la FAQ.