Pathologie numérique à l’aide du service DICOM

Article
05/21/2024

L’imagerie numérique en pathologie permet de partager des images en dehors du laboratoire, d’entraîner des modèles IA/ML et de stocker des diapositives de microscope numérisées.

Pour que ces avantages se produisent, de nombreuses organisations convertissent Qui le diapositives numériques WSI (Slide Imaging) au format standard DICOM®. Une fois que les images sont au format DICOM, vous pouvez les stocker dans des systèmes PACS disponibles commercialement où elles peuvent être gérées à l’aide d’outils et de processus de radiologie courants.

Service DICOM pour la pathologie numérique

Le service DICOM prend en charge des exigences uniques en pathologie numérique comme :

Mise à l’échelle et performances nécessaires pour charger des instances DICOM de pathologie qui sont de plusieurs GB de taille.
Accès rapide au frame pour permettre à la visionneuse web de panoramiquer et de zoomer les images de pathologie DICOM sans décalage ni flou.
Un moyen économique de stocker des images à long terme après le diagnostic pour l’archivage et la recherche.

Numérisation

Bien que la norme DICOM prenne désormais en charge les images de diapositives entières (WSI), de nombreux scanneurs d’acquisition ne capturent pas d’images au format DICOM. Le service DICOM prend uniquement en charge les images au format DICOM. Par conséquent, une conversion de format est requise pour WSI dans d’autres formats. Plusieurs solutions commerciales et open source existent pour effectuer ces conversions de format.

Voici quelques exemples code source ouvert outils pour créer votre propre convertisseur :

WSIDicomizer

Stockage

Chaque WSI converti génère une série DICOM avec plusieurs instances.

Chargement par lots

Compte tenu de la plus grande taille et du nombre d’instances qui doivent être chargées, nous vous recommandons de charger par lots chaque série ou un lot de WSIs convertis à l’aide de l’importation.

Chargement de streaming

Si vous souhaitez charger chaque fichier à mesure qu’il est converti, utilisez la demande de composant unique STOW dans l’exemple.

Conditions préalables

curl -X POST \
    -H "Content-Type: application/dicom" \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/dicom+json" \
{service-url}/{version}/studies \
    --data-binary {dcmFile}.dcm

Nous avons testé la prise en charge de dizaines de go de chargement en quelques secondes.

Récupération

Les visionneuses récupèrent des vignettes stockées en tant que trames dans une instance DICOM. Chaque instance DICOM peut contenir plusieurs images. Nous vous recommandons d’utiliser une trame GET à composant unique parallèle pour améliorer les performances.

Conditions préalables

curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/octet-stream; transfer-syntax=*" \
{service-url}/{version}/studies/{studyInstanceUid}/series/{seriesInstanceUid}/instances/{sopInstanceUid}/frames/{frameNumber} \
    --output {fileName}

Nous avons testé la prise en charge du téléchargement de la vignette 60 Ko dans environ 60 à 70 ms à partir du client.

Utilisateurs

Nous vous recommandons d’utiliser n’importe quelle visionneuse WSI qui peut être configurée avec un service DICOMWeb et une authentification OIDC.

Exemple de visionneuse open source :

Suivez les instructions CORS si la visionneuse interagit directement avec le service DICOM.

Rechercher un partenaire ISV

Contactez-vous si dicom-support@microsoft.com vous souhaitez travailler avec nos éditeurs de logiciels indépendants partenaires qui fournissent des solutions et un support de bout en bout.

Étapes suivantes

Déployer le service DICOM dans Azure

Utiliser des API DICOMweb avec le service DICOM

Remarque

DICOM® est une marque déposée de la National Electrical Manufacturers Association pour ses publications de standards relatifs aux communications numériques des informations médicales.

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