Ez a cikk a Microsoft Genomicshoz kapcsolódó leggyakoribb lekérdezéseket sorolja fel. A Microsoft Genomics szolgáltatással kapcsolatos további információkért lásd : Mi a Microsoft Genomics?. A hibaelhárítással kapcsolatos további információkért tekintse meg a hibaelhárítási útmutatót.
Hogyan GATK4-munkafolyamatokat futtat a Microsoft Genomicsban?
A Microsoft Genomics szolgáltatás config.txt fájljában adja meg a process_name.gatk4 Vegye figyelembe, hogy a számlázás normál díjszabás szerint fogjuk fizetni.
Hogyan engedélyezi a kimeneti tömörítést?
A kimeneti vcf vagy gvcf tömöríthető a kimeneti tömörítés opcionális argumentumával. Ez egyenértékű a vcf-bgzip- vagy gvcf-kimenet futtatásával -tabix a (bgzip kimenet) és .tbi a (tabix kimenet) fájlok előállításához .gz . bgzip tömöríti a vcf vagy gvcf fájlt, és tabix létrehoz egy indexet a tömörített fájlhoz. Az argumentum egy logikai érték, amely alapértelmezés szerint a vcf kimenetre, a true gcvf-kimenetre pedig alapértelmezés szerint értékre van állítvafalse. A parancssorban való használathoz adja meg -bz a vagy --bgzip-output a true értéket (futtassa a bgzip és a tabix parancsot) vagy falsea parancsot. Ha ezt az argumentumot a config.txt fájlban szeretné használni, adja hozzá bgzip_output: true a vagy bgzip_output: false a fájlt.
Mi a Microsoft Genomics SLA-ja?
Garantáljuk, hogy a Microsoft Genomics szolgáltatás 99,9%-a lesz elérhető a munkafolyamat API-kéréseinek fogadásához. További információ: SLA.
Hogyan jelenik meg a Microsoft Genomics használata a számlán?
A Microsoft Genomics a munkafolyamatonként feldolgozott gigabázisok száma alapján számlál. További információt a Díjszabás című szakasz tartalmaz.
Hol található az "msgen" ügyfél összes lehetséges parancsának és argumentumának listája?
A parancs futtatásával msgen helplekérheti az elérhető parancsok és argumentumok teljes listáját. Ha nem ad meg további argumentumokat, megjelenik a rendelkezésre álló súgószakaszok listája, amelyek mindegyike submit, list, cancelés status. Ha segítségre van szüksége egy adott parancshoz, írja be a következőt msgen help command: ; például msgen help submit felsorolja az összes küldési lehetőséget.
Melyek az "msgen" ügyfél leggyakrabban használt parancsai?
A leggyakrabban használt parancsok az ügyfél argumentumai:msgen
| Parancs | Mező leírása |
|---|---|
list |
Visszaadja a beküldött feladatok listáját. Az argumentumokért lásd: msgen help list. |
submit |
Munkafolyamat-kérelmet küld a szolgáltatásnak. Az argumentumokért lásd: msgen help submit. |
status |
A által --workflow-idmegadott munkafolyamat állapotát adja vissza. Lásd még msgen help status: . |
cancel |
Kérést küld a által --workflow-idmegadott munkafolyamat feldolgozásának megszakítására. Lásd még msgen help cancel: . |
Hol szerezhetem be az --api-url-base értéket?
Nyissa meg a Azure Portal, és nyissa meg a Genomics-fiók oldalát. A Kezelés fejléc alatt válassza a Hozzáférési kulcsok elemet. Itt megtalálja az API URL-címét és a hozzáférési kulcsokat is.
Hol szerezhetem be a --access-key értéket?
Nyissa meg a Azure Portal, és nyissa meg a Genomics-fiók oldalát. A Kezelés fejléc alatt válassza a Hozzáférési kulcsok elemet. Itt megtalálja az API URL-címét és a hozzáférési kulcsokat is.
Miért van szükségem két hívóbetűre?
Két hozzáférési kulcsra van szükség, ha a szolgáltatás használatának megszakítása nélkül szeretné frissíteni (újragenerálni) őket. Ha például frissíteni szeretné az első kulcsot, az összes új munkafolyamatnak a második kulcsot kell használnia. Ezután várja meg, amíg az összes munkafolyamat befejeződik az első kulccsal, mielőtt frissítené az első kulcsot.
Menti a tárfiókkulcsokat?
A tárfiókkulcs használatával rövid távú hozzáférési jogkivonatokat hozhat létre a Microsoft Genomics szolgáltatás számára a bemeneti fájlok olvasásához és a kimeneti fájlok írásához. Az alapértelmezett jogkivonat-időtartam 48 óra. A jogkivonat időtartama a -sas/--sas-duration küldési parancs beállításával módosítható; az érték órákban van megadva.
A Microsoft Genomics tárolja az ügyféladatokat?
Nem. A Microsoft Genomics nem tárol ügyféladatokat.
Milyen genomhivatkozásokat használhatok?
Ezek a hivatkozások támogatottak:
| Referencia | Értéke -pa/--process-args |
|---|---|
| b37 | R=b37m1 |
| hg38 | R=hg38m1 |
| hg38 (nincs helyettesítő elemzés) | R=hg38m1x |
| hg19 | R=hg19m1 |
Hogyan a parancssori argumentumokat konfigurációs fájlként formázza?
Az msgen a következő formátumban értelmezi a konfigurációs fájlokat:
Minden beállítás kulcs-érték párként érhető el, és az értékek kettősponttal vannak elválasztva a kulcsoktól. A rendszer figyelmen kívül hagyja a térközt.
A kezdő
#vonalak figyelmen kívül lesznek hagyva.A hosszú formátumú parancssori argumentumok kulcssá alakíthatók úgy, hogy eltávolítják a kezdő kötőjeleket, és aláhúzásjelekkel helyettesítik a kötőjeleket a szavak között. Íme néhány konverziós példa:
Parancssori argumentum Konfigurációs fájlsor -u/--api-url-base https://urlapi_url_base:https://url -k/--access-key KEYaccess_key:KEY -pa/--process-args R=B37m1process_args:R-b37m1
Következő lépések
A Microsoft Genomics használatának első lépéseihez használja az alábbi forrásanyagokat:
- Első lépésként futtassa az első munkafolyamatot a Microsoft Genomics szolgáltatáson keresztül. Munkafolyamat futtatása a Microsoft Genomics szolgáltatáson keresztül
- Saját adatok elküldése a Microsoft Genomics szolgáltatás általi feldolgozásra: párosított FASTQ | BAM | Multiple FASTQ vagy BAM