Edit

Bagikan melalui

Microsoft Genomics: Pertanyaan umum

  • FAQ

Artikel ini mencantumkan kueri teratas yang mungkin Anda miliki terkait dengan Microsoft Genomics. Untuk informasi selengkapnya tentang layanan Microsoft Genomics, lihat Apa itu Microsoft Genomics?. Untuk informasi selengkapnya tentang pemecahan masalah, lihat Panduan Pemecahan Masalah kami.

Bagaimana cara menjalankan alur kerja GATK4 di Microsoft Genomics?

Dalam file config.txt layanan Microsoft Genomics, tentukan process_name ke gatk4. Perhatikan bahwa Anda akan ditagih dengan tarif tagihan reguler.

Bagaimana cara mengaktifkan pemadatan output?

Anda dapat memadatkan output vcf atau gvcf menggunakan argumen opsional untuk pemadatan output. Ini setara dengan menjalankan -bgzip diikuti oleh -tabix pada output vcf atau gvcf, untuk menghasilkan file .gz (output bgzip) dan .tbi (output tabix). bgzip memadatkan file vcf atau gvcf, dan tabix membuat indeks untuk file terpadatkan. Argumennya adalah boolean, yang diatur ke false secara default untuk output vcf, dan diatur ke true secara default untuk output gvcf. Untuk menggunakannya pada baris perintah, tentukan -bz atau --bgzip-output sebagai true (jalankan bgzip dan tabix) atau false. Untuk menggunakan argumen ini dalam file config.txt tambahkan bgzip_output: true atau bgzip_output: false ke file tersebut.

Apa itu SLA untuk Microsoft Genomics?

Kami menjamin bahwa 99.9% dari waktu layanan Microsoft Genomics akan tersedia untuk menerima permintaan API alur kerja. Untuk informasi selengkapnya, lihat SLA.

Bagaimana penggunaan Microsoft Genomics muncul di tagihan saya?

Tagihan Microsoft Genomics berdasarkan jumlah gigabase yang diproses setiap alur kerja. Untuk informasi selengkapnya, lihat Harga.

Di mana saya bisa menemukan daftar semua perintah dan argumen yang mungkin untuk klien `msgen`?

Anda bisa mendapatkan daftar lengkap perintah dan argumen yang tersedia dengan menjalankan msgen help. Jika tidak ada argumen lebih lanjut yang disediakan, itu menunjukkan daftar bagian bantuan yang tersedia, satu untuk masing-masing submit, list, cancel, dan status. Untuk mendapatkan bantuan perintah tertentu, ketik msgen help command; untuk contoh, msgen help submit mencantumkan semua opsi kirim.

Apa perintah yang paling umum digunakan untuk klien `msgen`?

Perintah yang paling umum digunakan adalah argumen untuk klien msgen meliputi:

Perintah Deskripsi bidang
list Mengembalikan daftar pekerjaan yang telah Anda kirimkan. Untuk argumen, lihat msgen help list.
submit Mengirimkan permintaan alur kerja ke layanan. Untuk argumen, lihat msgen help submit.
status Mengembalikan status alur kerja yang ditentukan oleh --workflow-id. Lihat juga msgen help status.
cancel Mengirim permintaan untuk membatalkan pemrosesan alur kerja yang ditentukan oleh --workflow-id. Lihat juga msgen help cancel.

Di mana saya bisa mendapatkan nilai untuk `--api-url-base`?

Buka portal Microsoft Azure dan buka halaman akun Genomics Anda. Di bawah judul Manajemen, pilih Kunci akses. Di sana, Anda menemukan baik URL API maupun kunci akses Anda.

Di mana saya bisa mendapatkan nilai untuk `--access-key`?

Buka portal Microsoft Azure dan buka halaman akun Genomics Anda. Di bawah judul Manajemen, pilih Kunci akses. Di sana, Anda menemukan baik URL API maupun kunci akses Anda.

Mengapa saya memerlukan dua kunci akses?

Anda memerlukan dua kunci akses jika Anda ingin memperbarui (meregenerasi) kunci tersebut tanpa mengganggu penggunaan layanan. Misalnya, jika Anda ingin memperbarui kunci pertama, Anda harus memiliki semua alur kerja baru menggunakan kunci kedua. Kemudian, tunggu semua alur kerja yang menggunakan kunci pertama selesai sebelum memperbarui kunci pertama.

Apakah Anda menyimpan kunci akun penyimpanan saya?

Kunci akun penyimpanan Anda digunakan untuk membuat token akses jangka pendek untuk layanan Microsoft Genomics untuk membaca file input Anda dan menulis file output. Durasi token default adalah 48 jam. Durasi token dapat diubah dengan opsi -sas/--sas-duration perintah kirim; nilainya adalah dalam jam.

Apakah Microsoft Genomics menyimpan data pelanggan?

Tidak. Microsoft Genomics tidak menyimpan data pelanggan apa pun.

Referensi genom apa yang bisa saya gunakan?

Referensi ini didukung:

Referensi nilai -pa/--process-args
b37 R=b37m1
hg38 R=hg38m1
hg38 (tanpa analisis alt) R=hg38m1x
hg19 R=hg19m1

Bagaimana cara memformat argumen baris perintah sebagai file config?

msgen memahami file konfigurasi dalam format berikut:

  • Semua opsi disediakan sebagai pasangan kunci-nilai dengan nilai yang dipisahkan dari kunci dengan titik dua. Spasi kosong diabaikan.

  • Garis yang dimulai # diabaikan.

  • Argumen baris perintah apa pun dalam format panjang dapat dikonversi menjadi kunci dengan melucuti garis jarak antar baris dan mengganti garis di antara kata-kata dengan garis bawah. Berikut adalah beberapa contoh konversi:

    Argumen baris perintah Baris file konfigurasi
    -u/--api-url-base https://url api_url_base:https://url
    -k/--access-key KEY access_key:KEY
    -pa/--process-args R=B37m1 process_args:R-b37m1

Langkah berikutnya

Gunakan sumber daya berikut untuk mulai menggunakan Microsoft Genomics: