ENCODE: Ensiklopedia Elemen DNA

Catatan

Pembaruan Penting Mei 2025: Komunitas Terhormat, Kami ingin memberi tahu Anda tentang perubahan yang akan datang mengenai himpunan data terbuka Genomics yang saat ini tersedia melalui Azure. Setelah pertimbangan yang cermat, kami memutuskan untuk mengalihkan fokus kami ke inisiatif baru yang akan lebih melayani komunitas kami dan selaras dengan tujuan jangka panjang kami. Dengan demikian, akses ke himpunan data terbuka Genomics di Azure akan ditolak dalam beberapa bulan mendatang. Kami memahami himpunan data ini sangat berharga untuk penelitian, pengembangan, dan pembelajaran, dan kami sangat menghargai kontribusi dan keterlibatan dari komunitas kami dari waktu ke waktu. Terima kasih atas pengertian dan dukungan Anda.

Konsorsium Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) adalah kolaborasi internasional yang berkelanjutan dari grup penelitian yang didanai oleh National Human Genome Research Institute (NHGRI). Tujuan ENCODE adalah untuk membangun daftar bagian yang komprehensif dari elemen fungsional dalam genom manusia, termasuk elemen yang bertindak pada tingkat protein dan RNA, dan elemen peraturan yang mengontrol sel dan keadaan di mana gen aktif.

Penyelidik ENCODE menggunakan berbagai alat tes dan metode untuk mengidentifikasi unsur fungsional. Penemuan dan anotasi elemen gen dicapai terutama dengan mengurutkan beragam sumber RNA, genomika komparatif, metode bioinformatika integratif, dan kurasi manusia. Elemen peraturan biasanya diselidiki melalui alat tes hipersensitivitas DNA, alat tes metilasi DNA, dan imunostasi (IP) protein yang berinteraksi dengan DNA dan RNA, yaitu, histones yang dimodifikasi, faktor transkripsi, regulator kromatin, dan protein pengikat RNA, diikuti dengan pengurutan.

Catatan

Microsoft menyediakan Azure Open Datasets berdasarkan "apa adanya". Microsoft tidak memberikan jaminan, tersurat maupun tersirat, jaminan atau ketentuan sehubungan dengan penggunaan Anda atas himpunan data. Sejauh diizinkan menurut undang-undang setempat Anda, Microsoft melepaskan semua tanggung jawab atas segala kerusakan atau kerugian, termasuk langsung, konsekuensial, khusus, tidak langsung, insidental, atau hukuman, yang diakibatkan oleh penggunaan Anda atas kumpulan data.

Kumpulan data ini disediakan di bawah ketentuan asli yang diterima Microsoft data sumbernya. Himpunan data mungkin menyertakan data yang bersumber dari Microsoft.

Sumber data

Himpunan data ini adalah cermin dari penyimpanan data di https://www.encodeproject.org/

Volume data dan frekuensi pembaruan

Himpunan data ini mencakup sekitar 756 TB data, dan diperbarui setiap hari.

Lokasi penyimpanan

Himpunan data ini disimpan di wilayah Azure Barat AS 2 dan Barat Sentral AS. Kami merekomendasikan lokasi sumber daya komputasi di US Barat 2 atau Barat Sentral US untuk afinitas.

Akses Data

US Barat 2: 'https://datasetencode.blob.core.windows.net/dataset'

Barat Sentral AS: 'https://datasetencode-secondary.blob.core.windows.net/dataset'

Gunakan Ketentuan

Pengguna data eksternal dapat dengan bebas mengunduh, menganalisis, dan menerbitkan hasil berdasarkan data ENCODE apa pun tanpa batasan, terlepas dari jenis atau ukuran, dan tidak mencakup masa tenggang bagi produsen data ENCODE, baik sebagai anggota individu atau sebagai bagian dari Konsorsium. Peneliti yang menggunakan data ENCODE yang tidak diterbitkan didorong untuk menghubungi produsen data untuk membahas kemungkinan publikasi. Konsorsium akan terus mempublikasikan hasil upaya analisisnya dalam publikasi independen.

ENCODE meminta agar peneliti yang menggunakan himpunan data ENCODE (diterbitkan atau tidak diterbitkan) dalam publikasi dan presentasi mengutip Konsorsium ENCODE dengan semua cara berikut yang dilaporkan https://www.encodeproject.org/help/citing-encode/.

Kontak

Jika Anda memiliki pertanyaan, kekhawatiran, atau komentar, kirim email ke meja bantuan kami di encode-help@lists.stanford.edu.

Langkah berikutnya

Lihat himpunan data lainnya di katalog Open Datasets.