Menyiapkan lab untuk mengajarkan R di Linux

Penting

Azure Lab Services akan dihentikan pada 28 Juni 2027. Untuk informasi selengkapnya, lihat panduan penghentian.

Catatan

Artikel ini mereferensikan fitur yang tersedia dalam paket lab, yang menggantikan akun lab.

R adalah bahasa sumber terbuka yang digunakan untuk komputasi statistik dan grafik. Ini digunakan dalam analisis statistik genetika untuk pemrosesan bahasa alami untuk menganalisis data keuangan. R memberikan pengalaman baris perintah interaktif . RStudio adalah lingkungan pengembangan interaktif (IDE) yang tersedia untuk bahasa R. Versi gratis menyediakan alat pengeditan kode, pengalaman penelusuran kesalahan terintegrasi, dan alat pengembangan paket.

Artikel ini hanya berfokus pada RStudio dan R sebagai blok penyusun untuk kelas yang memerlukan penggunaan komputasi statistik. Pembelajaran mendalam dan tipe kelas Python dan Jupyter Notebooks menyiapkan RStudio secara berbeda. Setiap artikel menjelaskan cara menggunakan gambar marketplace Data Science Virtual Machine for Linux (Ubuntu), yang memiliki banyak alat terkait ilmu data, termasuk RStudio, yang telah diinstal sebelumnya.

Konfigurasi lab

Untuk menyiapkan lab ini, Anda memerlukan langganan Azure dan paket lab untuk memulai. Jika Anda tidak memiliki langganan Azure, buat akun gratis sebelum memulai.

Konfigurasi sumber daya eksternal

Beberapa kelas memerlukan file, seperti file data besar, untuk disimpan secara eksternal.

Jika Anda memilih untuk memiliki R Server bersama untuk siswa, server harus disiapkan sebelum lab dibuat. Untuk informasi selengkapnya tentang cara menyiapkan server bersama, lihat cara membuat lab dengan sumber daya bersama di Azure Lab Services. Untuk petunjuk membuat Server RStudio, lihat Mengunduh Server RStudio untuk Debian & Ubuntu dan Mengakses RStudio Server Open-Source.

Jika Anda memilih untuk menggunakan sumber daya eksternal apa pun, Anda perlu Menyambungkan ke jaringan virtual Anda di Azure Lab Services dengan paket lab Anda.

Penting

Jaringan tingkat lanjut harus diaktifkan selama pembuatan rencana lab Anda. Ini tidak dapat ditambahkan nanti.

Pengaturan rencana lab

Setelah mendapatkan langganan Azure, Anda dapat membuat paket lab baru di Azure Lab Services. Untuk informasi selengkapnya tentang membuat rencana lab baru, lihat tutorial tentang cara menyiapkan rencana lab. ** Anda juga dapat menggunakan rencana lab yang ada.

Aktifkan pengaturan paket lab Anda seperti yang dijelaskan dalam tabel berikut ini. Untuk informasi selengkapnya tentang cara mengaktifkan gambar Marketplace Azure, lihat Menentukan gambar Marketplace Azure yang tersedia untuk pembuat lab.

Pengaturan rencana lab Petunjuk
Gambar Marketplace Aktifkan gambar Ubuntu Server 18.04 LTS .

Pengaturan Laboratorium

Untuk petunjuk tentang cara membuat lab, lihat Tutorial: Menyiapkan lab. Gunakan pengaturan berikut saat membuat lab.

Pengaturan laboratorium Nilai dan deskripsi
Ukuran Komputer Virtual GPU Kecil (Komputasi)
Gambar VM Ubuntu Server 18.04 LTS
Mengaktifkan koneksi desktop jarak jauh Pengaturan ini harus diaktifkan jika Anda memilih untuk menggunakan RDP. Pengaturan ini tidak diperlukan jika Anda memilih X2Go untuk terhubung ke komputer lab.

Jika Anda memilih untuk menggunakan RDP, Anda perlu terhubung ke VM Linux menggunakan SSH dan menginstal paket RDP dan GUI sebelum menerbitkan lab. Kemudian, siswa dapat terhubung ke VM Linux menggunakan RDP nanti. Untuk informasi selengkapnya, lihat Mengaktifkan desktop jarak jauh grafis untuk VM Linux.

Konfigurasi templat

Setelah mesin templat dibuat, nyalakan mesin tersebut, lalu sambungkan untuk menginstal R, RStudio Desktop, dan opsionalnya X2Go Server.

Pertama, mari kita perbarui apt dan mutakhirkan paket yang ada pada mesin.

sudo apt update 
sudo apt upgrade

Menginstal Server X2Go

Jika Anda memilih untuk menggunakan X2Go, instal server. Pertama-tama Anda perlu Menyambungkan ke VM lab Linux menggunakan SSH untuk menginstal komponen server. Setelah selesai, sisa penyiapan dapat diselesaikan setelah menyambungkan menggunakan klien X2Go.

Penginstalan default X2Go tidak kompatibel dengan RStudio. Untuk mengatasi masalah ini, perbarui file opsi x2goagent.

  1. Edit /etc/x2go/x2goagent.options file. Jangan lupa untuk mengedit file sebagai sudo.

    1. Hapus komentar baris yang menyatakan: X2GO_NXAGENT_DEFAULT_OPTIONS+=" -extension GLX"
    2. Beri komentar baris yang menyatakan: X2GO_NXAGENT_DEFAULT_OPTIONS+=" -extension GLX"
  2. Hidupkan ulang server X2Go sehingga opsi baru digunakan.

    sudo systemctl restart x2goserver
    

Atau, Anda dapat membangun pustaka yang diperlukan dengan mengikuti instruksi di solusi GLX untuk X2Go.

Menginstal R

Ada beberapa cara untuk menginstal R pada mesin virtual. Anda menginstal R dari repositori Comprehensive R Archive Network (CRAN). Ini menyediakan versi terbaru R. Setelah repositori ini ditambahkan ke komputer kami, Anda dapat menginstal R dan banyak paket terkait lainnya.

Kita perlu menambahkan repositori CRAN. Perintah dimodifikasi dari instruksi yang tersedia di Paket Ubuntu untuk instruksi singkat R.

#download helper packages
sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
# download and add the signing key (by Michael Rutter) for these repos
sudo wget -q "https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc" -O /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
#add repository
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/"

Sekarang kami dapat menginstal R, menjalankan perintah berikut:

sudo apt install r-base

Instal RStudio

Sekarang kami telah menginstal R secara lokal, kita dapat menginstal IDE RStudio. Kami menginstal versi gratis RStudio Desktop. Untuk semua versi yang tersedia, lihat Unduhan RStudio.

  1. Impor kunci penandatanganan kode untuk RStudio.

    sudo gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com  --recv-keys 3F32EE77E331692F
    
  2. Unduh file Paket Linux Debian (.deb) untuk R Studio untuk Ubuntu. File dalam format rstudio-{version}-amd64.deb. Contohnya:

    export rstudiover="1.4.1717"
    wget --quiet -O rstudio.deb https://download1.rstudio.org/desktop/bionic/amd64/rstudio-$rstudiover-amd64.deb
    
  3. Gunakan gdebi untuk menginstal RStudio. Pastikan untuk menggunakan jalur file untuk menunjukkan kepada apt bahwa kita akan menginstal file lokal.

    sudo apt install gdebi-core 
    echo "y" | gdebi rstudio.deb –quiet
    

Paket CRAN

Sekarang saatnya untuk menginstal paket CRAN apa pun yang Anda inginkan. Pertama, tambahkan repositori R 4.0 atau yang lebih baru 'c2d4u'.

sudo add-apt-repository ppa:c2d4u.team/c2d4u4.0+

install.packages(“package name”) Gunakan perintah dalam sesi interaktif R seperti yang ditunjukkan dalam daftar cepat artikel paket R yang berguna. Sebagai alternatif, gunakan item menu Alat -> Instal Paket di RStudio.

Jika Anda memerlukan bantuan untuk menemukan paket, lihat daftar paket menurut tugas atau daftar paket alfabet.

Langkah berikutnya

Gambar templat sekarang dapat diterbitkan ke lab. Untuk informasi selengkapnya, lihat Menerbitkan templat VM.

Saat Anda menyiapkan lab, lihat artikel berikut ini: