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Genomica di Microsoft: Domande comuni

  • Domande frequenti

Questo articolo elenca le domande più importanti degli utenti su Genomica di Microsoft. Per altre informazioni sul servizio Genomica di Microsoft, vedere Informazioni su Genomica di Microsoft. Per altre informazioni sulla risoluzione dei problemi, vedere Guida per la risoluzione dei problemi.

Come si eseguono flussi di lavoro GATK4 in Genomica di Microsoft?

Nel file config.txt del servizio Genomica di Microsoft impostare il parametro process_name su gatk4. Si noti che gli addebiti saranno basati su tariffe di fatturazione normali.

Come si abilita la compressione dell'output?

È possibile comprimere l'output VCF o GVCF usando un argomento facoltativo per la compressione di output. Equivale all'esecuzione di -bgzip seguito da -tabix nell'output VCF o GVCF, per produrre .gz (output bgzip) e .tbi (output tabix). bgzip comprime il file VCF o GVCF, mentre tabix crea un indice per il file compresso. L'argomento è un valore booleano, che per impostazione predefinita è impostato su false per l'output VCF e su true per l'output GCVF. Per usarlo nella riga di comando, specificare -bz o --bgzip-output come true (eseguire bgzip e tabix) oppure false. Per usare questo argomento nel file config.txt, aggiungere bgzip_output: true o bgzip_output: false al file.

Qual è il contratto di servizio per Genomica di Microsoft?

Microsoft garantisce che il servizio Genomica di Microsoft sarà disponibile per almeno il 99,9% del tempo per ricevere le richieste API del flusso di lavoro. Per altre informazioni, vedere Contratto di servizio.

Come viene indicato l'utilizzo di Genomica di Microsoft in fattura?

Il servizio Genomica di Microsoft effettua la fatturazione in base al numero di gigabase elaborati per flusso di lavoro. Per altre informazioni, vedere Prezzi.

Dove è possibile trovare un elenco di tutti i possibili comandi e argomenti per il client "msgen"?

È possibile ottenere un elenco completo di comandi e argomenti disponibili eseguendo msgen help. Se non vengono forniti altri argomenti, mostra un elenco delle sezioni della Guida disponibili, uno per ogni submit, list, cancel e status. Per ottenere informazioni su un comando specifico, digitare msgen help command; ad esempio msgen help submit elenca tutte le opzioni di invio.

Quali sono i comandi più comunemente usati per il client "msgen"?

I comandi utilizzati più comunemente sono argomenti per il client msgen e includono:

Comando Descrizione campo
list Restituisce un elenco di processi inviati. Per gli argomenti, vedere msgen help list.
submit Invia una richiesta del flusso di lavoro al servizio. Per gli argomenti, vedere msgen help submit.
status Restituisce lo stato del flusso di lavoro specificato da --workflow-id. Vedere anche msgen help status.
cancel Invia una richiesta per annullare l'elaborazione del flusso di lavoro specificato da --workflow-id. Vedere anche msgen help cancel.

Dove si ottiene il valore per '--api-url-base'?

Passare al portale di Azure e aprire la pagina dell'account di Genomica. Nell'intestazione Gestione, scegliere Chiavi di accesso. Qui sono disponibili sia l'URL dell'API e le chiavi di accesso.

Dove si ottiene il valore per '--access-key'?

Passare al portale di Azure e aprire la pagina dell'account di Genomica. Nell'intestazione Gestione, scegliere Chiavi di accesso. Qui sono disponibili sia l'URL dell'API e le chiavi di accesso.

Perché occorrono due chiavi di accesso?

Sono necessarie due chiavi di accesso nel caso in cui si desideri aggiornare (rigenerare) le stesse senza interrompere l'utilizzo del servizio. Se, ad esempio, si vuole aggiornare la prima chiave, tutti i nuovi flussi di lavoro dovranno usare la seconda chiave. Prima di aggiornare la prima chiave, attendere quindi che siano completati tutti i flussi di lavoro che usano la prima chiave.

Le chiavi dell'account di archiviazione vengono salvate?

La chiave dell'account di archiviazione viene utilizzata per creare token di accesso a breve termine per permettere al servizio Genomica di Microsoft di leggere i file di input e scrivere i file di output. La durata predefinita dei token è di 48 ore. La durata del token può essere modificata con l'opzione -sas/--sas-duration del comando di invio; il valore è espresso in ore.

Genomica di Microsoft archivia i dati dei clienti?

No. Genomica di Microsoft non archivia i dati dei clienti.

Quali rierimenti del genoma è possibile usare?

Sono supportati questi riferimenti:

Riferimento Valore di -pa/--process-args
b37 R=b37m1
hg38 R=hg38m1
hg38 (senza analisi alt) R=hg38m1x
hg19 R=hg19m1

Come si formattano gli argomenti della riga di comando come file di configurazione?

msgen riconosce i file di configurazione nel formato seguente:

  • Tutte le opzioni vengono fornite come coppie chiave-valore con i valori separati dalle chiavi da una virgola. Lo spazio vuoto viene ignorato.

  • Le righe che iniziano con # sono ignorate.

  • Qualsiasi argomento della riga di comando nel formato lungo può essere convertito in una chiave eliminando i trattini iniziali e sostituendo i trattini tra le parole con caratteri di sottolineatura. Di seguito sono riportati alcuni esempi di conversione:

    Argomento della riga di comando Riga del file di configurazione
    -u/--api-url-base https://url api_url_base:https://url
    -k/--access-key KEY access_key:KEY
    -pa/--process-args R=B37m1 process_args:R-b37m1

Passaggi successivi

Usare le risorse seguenti per iniziare a usare Genomica di Microsoft: