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Inviare un flusso di lavoro usando input FASTQ in Genomica di Microsoft

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Questo articolo illustra come inviare un flusso di lavoro al servizio Genomica di Microsoft se i file di input sono costituiti da una singola coppia di file FASTQ. In questo argomento si presuppone che sia già stato installato ed eseguito il client msgen e che si abbia familiarità con l'uso di Archiviazione di Azure. Se è già stato inviato un flusso di lavoro con i dati di esempio forniti, è possibile proseguire con questo articolo.

Configurazione: caricare i file FASTQ in Archiviazione di Azure

Si supponga che siano disponibili due file, reads_1.fq.gz e reads_2.fq.gz, e che i file siano stati caricati nell'account di archiviazione myaccount in Azure come https://myaccount.blob.core.windows.net/inputs/reads_1.fq.gz e https://myaccount.blob.core.windows.net/inputs/reads_2.fq.gz. È necessario che siano disponibili l'URL dell'API e la chiave di accesso. Gli output devono essere disponibili in https://myaccount.blob.core.windows.net/outputs.

Inviare il processo al client msgen

Ecco il set minimo di argomenti che sarà necessario fornire al client msgen. Le interruzioni di pagina vengono aggiunte per maggiore chiarezza:

Per Windows:

msgen submit ^
  --api-url-base <Genomics API URL> ^
  --access-key <Genomics access key> ^
  --process-args R=b37m1 ^
  --input-storage-account-name myaccount ^
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --input-storage-account-container inputs ^
  --input-blob-name-1 reads_1.fq.gz ^
  --input-blob-name-2 reads_2.fq.gz ^
  --output-storage-account-name myaccount ^
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --output-storage-account-container outputs

Per Unix:

msgen submit \
  --api-url-base <Genomics API URL> \
  --access-key <Genomics access key> \
  --process-args R=b37m1 \
  --input-storage-account-name myaccount \
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --input-storage-account-container inputs \
  --input-blob-name-1 reads_1.fq.gz \
  --input-blob-name-2 reads_2.fq.gz \
  --output-storage-account-name myaccount \
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --output-storage-account-container outputs

Se si preferisce usare un file di configurazione, deve essere analogo al seguente:

api_url_base:                     <Genomics API URL>
access_key:                       <Genomics access key>
process_args:                     R=b37m1
input_storage_account_name:       myaccount
input_storage_account_key:        <storage access key to "myaccount">
input_storage_account_container:  inputs
input_blob_name_1:                reads_1.fq.gz
input_blob_name_2:                reads_2.fq.gz
output_storage_account_name:      myaccount
output_storage_account_key:       <storage access key to "myaccount">
output_storage_account_container: outputs

Inviare il file config.txt con questa chiamata: msgen submit -f config.txt

Passaggi successivi

In questo articolo è stata caricata una coppia di file FASTQ in Archiviazione di Azure ed è stato inviato un flusso di lavoro al servizio Genomica di Microsoft tramite il client msgen Python. Per ulteriori informazioni sull'invio di flussi di lavoro e su altri comandi che possono essere usati con il servizio Genomica di Microsoft, vedere le Domande frequenti.