Web、メール、印刷ドキュメントを作成するための Microsoft ワード プロセッシング ソフトウェア製品のファミリ。
オプションの「行末のスペースには下線を引く」は、文字通り行末のスペースが対象で、途中のスペースは別です。
「行末のスペースには下線を引く」にチェックありのときは、下線なし以外はすべての行末に下線が付きます。
フォント設定の下線によって、正常動作の場合は下図のようになります。
最後の行だけ「行末のスペースには下線を引く」のチェックなし、他はチェックありで、下線の指定による例です。
Word をセーフモードで起動して、ファイルの新規などで行った場合はどうなるか、
Windows PC 上の Office アプリをセーフ モードで開く - Microsoft サポート
標準テンプレートファイル Normal.dotm の名前を Normalold.dotm などに変更してから、Word を起動して行った場合はどうなるか、などを確認してみてはどうでしょうか。
Normal.dotm ファイルは下記情報の Templates フォルダーにありますので、ファイルの名前を変更だけ行ってから Word を起動して、下線の確認をしてください。