チャブーンです。
最初ですが、RD ライセンスを確実に施行するには「リモートデスクトップセッションホスト」サーバーを構成する必要があります。
このサーバーを構成しない場合、「管理モード」での接続となり、おっしゃる事象が発生します。「リモートデスクトップセッションホスト」役割をインストールして、再度試してみてください。
<以下は参考情報です>
なお、RD ライセンスについては、管理者アカウントでアクセスしたとしても、ライセンスはカウントされてしまいます。
GPOなどの設定で、これを回避することはできません。
RDSH がインストールされた環境で「管理モード」でアクセスしたい場合、コマンドによる接続が必要です。
mstsc.exe <ホスト名 or IPアドレス> /admin
こうすると、管理モードで接続され、ライセンスのカウントは行われないはずです。