こんにちは、nagino です。
私の書き間違いで混乱させてしまったようです、すみません。
Windows Desktop Search 3.0 のバージョンアップ版が Windows Search 4.0 です。
つい癖で Desktop と入れてしまいましたが、4.0 から名称変更になっていますね。
Vista は、OS 標準で 3.0 が入っていたはずなので、4.0 をアンインストールしても 3.0 は残ったかと思います。
ですので、SearchIndex.exe があるのは問題ないと思われます。
「システムに接続された~」については、推測になってしまいますが、単純にエラーにあるパスにアクセスできず、結果ディスクの破損の可能性もあるということでそのようなエラーを記録しているだけかと思います。
実際は HDD 自体は普通に使えているようですので、ウィルス対策ソフトとバッティングしてしまったですとか、ファイルが使用中だったですとか、そういった他の要因のような気がします。
一応心配であれば、ディスクのチェックをされるのもよろしいかと思います。
チェックの手順は以下にあります。
http://windowshelp.microsoft.com/Windows/ja-JP/help/bc1393cf-9f9c-79c7-0f91-9337c2c41f811041.mspx
ウィルス対策ソフトも入っており正常に動作しているとのことですし、いくつかシステムに変更を加えましたので、しばらく様子を見てから次の手を落ち着いて考えればよろしいかと思います。
MCITP(Database Developer/Database Administrator)