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いろいろ原因が考えられますが、一番可能性が高そうなのはユーザープロファイルの破損かもしれません。
コントロールパネルから新しいユーザーを作成し、作成したユーザーでログオンして同じ現象になるか確認してみてください。
もし新しいユーザーが正常であれば、今までのユーザーのプロファイルが破損している可能性が高いので、必要なデータを新しいプロファイルに移行するようになります。
必要なデータの移行は以下などを参考に(Vista用ですがWindows 7でも基本は同じです)
破損したユーザー プロファイルを修復する
http://windowshelp.microsoft.com/Windows/ja-JP/help/769495bf-035c-4764-a538-c9b05c22001e1041.mspx
新しいユーザーでも同様の現象になる場合には、なんらかのインストールされているソフトの影響の可能性がありますので、クリーンブートで問題のソフトを特定していく方法があります。
Windows Vista または Windows 7 でクリーン ブートを実行して問題のトラブルシューティングを行う方法
http://support.microsoft.com/kb/929135/ja
システムの復元のタイムアウトは関連があるかどうか、今時点ではなんともいえないと思います。