範囲選択をしたとき、色2の部分は背景とみなされ、ほかの場所に重ねようとしたときには透けて後ろが見える状態です。
(範囲内に色2がある場合、そこが切り抜かれた状態で移動・コピーされる。貼り付けた時に、切り抜かれていた部分は貼り付け先の色とマージされます)
ただし、あるピクセルが透明になるというわけではないので、お望みのことはできないのかもしれません。
⇒その動作だと思いますが、その時の塗りつぶし色として透明を選択する方法は無いのでしょうか。
結局は透明で塗りつぶしても地色の白が見えるだけ?
なんとなく、ペイントでは線画だけを取り出すのはできないということのようです。
ペイントに透明色やベクターオブジェクト、レイヤーという概念はありません。
このため、何かの絵に重ねるとか、その手の作業には不向きです。
(透明にしたいところを色2で塗りつぶしておけば、範囲選択するときに使えるかもしれませんが、用途次第)
あくまで、標準でついているおまけのようなものと捉えておくべきかと思います。
高度な作業をするのであれば、サードパーティーの編集ツールが必要になるかと思います。
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