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一応、AppData\Local 以下にある、3つのジャンクションのみ、それらしく復元しました。
根本的な解決ではありませんが、何となくそれっぽく復元する方法を記載しておきます。
● AppData\Local\History の例
コマンドプロンプトで、C:\Users\Pcuser\AppData\Local に行きます。
ジャンクションを作成します。
mklink /J "History" "C:\Users\Pcuser\AppData\Local\Microsoft\Windows\History"
アイコンを設定します。プロパティのカスタマイズで、アイコンの変更を選び、参照ファイルを ieframe.dll にし、History ディレクトリのものを指定します。
コマンドプロンプトに戻り、属性を設定します。
attrib +S +H "History" /L
「+S」が要のようです。
システムデフォルトジャンクションと同じように、ACL を設定します。
icacls "History" /L /deny Everyone:(S,RD)
所有者を、SYSTEM に変更します。
icacls "History" /L /setowner SYSTEM
この時点で、ACL を見てみると下記のようになります。(なっていなければ設定します)
icacls "History" /L
History Everyone:(DENY)(S,RD)
NT AUTHORITY\SYSTEM:(I)(OI)(CI)(F)
BUILTIN\Administrators:(I)(OI)(CI)(F)
MyPcName\Pcuser:(I)(OI)(CI)(F)
この状態で、おそらくシステムデフォルトのHistoryジャンクションが復元できたかと思います。エクスプローラで History のプロパティを見ても、「全般」と「以前のバージョン」のタブしかなく、しかも「以前のバージョン」では以前のHistoryを選択できなくなります。
上記を同じように、Application Data と、Temporary Internet Files に対して行ってやります。
ちなみに、Application Data は、設定後もプロパティで各種タブを見ることができますが、他のユーザーでも同じなので、デフォルトに戻せたかと思います。
History はダブルクリックしても何も起きません。これもシステムデフォルトの動作だと思われます。
他の2つのジャンクションは、ダブルクリックすると「場所が利用できません」のタイトルの警告が出て、「アクセスが拒否されました」となります。システムデフォルトかと思います。
AppData 配下では、"AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\プログラム" というジャンクションもあるようですが、こちらは私の方では削除されていませんでした。もし無くなっていた場合は、同じ手順で復元できるかと思われます。
AppData の復元(以前のバージョン)で、ジャンクションが消えてしまった原因も解りませんし、ジャンクションの復元方法についても本当にこの手順で良いのか解りませんが、一応はそれらしく直せたのではと…。
OSの機能やツールで、何らかのものがあればそれに越したことはないのですが。