みゃう様、近藤様
回答いただき、ありがとうございます。
私のほうでもインターネット上で情報を探してみましたが、該当する内容は見つかりませんでしたが、実機を使って色々と検証をしてみたところ、2007 Microsoft Office Service Pack 3を適用したことが原因でMicrosoft IMEが削除されていたようです。
○確認内容
①Windows Server 2008 R2にMicrosoft Office Standard 2007をインストールすると、文字変換サービスとしては、Microsoft IMEとMicrosoft Office IME 2007が設定されました。
②ここに2007 Microsoft Office Service Pack 3を適用したところ、Microsoft IMEは無効となり、Microsoft Office IME 2007が有効となりました。
参考になればと思い、返信させていただきます。