yonemasa さん、こんにちは。
マイクロソフト コミュニティをご利用いただき、ありがとうございます。
Config.Msi フォルダーは削除していいのかということですね。
調べたのですが、削除していいのか悪いのか、はっきりとした情報が見つかりませんでした。
ただ **\[** **こちらのページ** **\]**の [インストールがエラー 1303 で失敗する] の項目を見るかぎり、本来存在するべきファイルのようです。
また、[ こちらのページ ]では MSI ファイルにプログラムのインストール情報だけでなく、アンインストール情報も含まれているという記述もありました。
保護されているシステムファイルは削除することで悪影響を及ぼす可能性もありますので、削除しない方が安心だと思います。