・Windows 8.1からアップグレード版は廃止されました。
http://internet.watch.impress.co.jp/docs/news/20130918_615764.html
上記URLに 『 Windows XP/Vista/7からのアップグレードを計画している場合、重要な注意点がある。ほとんど引き継ぎが行われないのだ。 Windows 7からのアップグレードでは、Microsoft Officeを含む、すべてのデスクトップアプリケーションは引き継がれず、再インストールが必要だ。なお、「すべてのファイル」は引き継がれるとしている。』 とあります。
更に、「設定を引き継がせたい場合には、現在販売されている引き継ぎが可能なWindows 8を事前にインストールし、そこからWindowsストア経由でWindows 8.1に無料アップグレードする方が便利かもしれない。」 とあります。
・現在の私の2台の Windows 8.1 Pro PC の内の1台は Vista→Windows 8 Pro→Windows 8.1 Pro の順にUpgradeしました。
Windows 8 ProはUpgarde版を購入し、Windows 8.1 へはWindows 8.1へのUpgradeの案内がデスクトップ上に表示され無料でUpgradeしました。
設定等はいずれの場合も引き継がれて、現在Windows 8.1 PCはSub PCとして順調に稼働中です。