スタートアップを全て無効にして一時回復した後に、他のアプリ等は一切起動せず、そのままの状態で再度不具合が出たということでしょうか。
Wacom が、スタートアップを止めてみると提案したことは分かるのですが、これがだめならいきなりWindows の問題だと答えたことがよくわからないのですが、一応下のサイトのことを確認してみたらどうでしょうか。
wacom ペンタブレットの動作で困ったときは、こちらを確認ください
wacom ペンタブレットがうまく動作しないb場合の確認事項
次に、ペンタブレットを使ったことがないため詳細は分かりませんし、tm_14さんの症状とは違うかもしれませんが、サービス関係の設定について下のようなサイトが見つかりました(型番などは違うものもありますが)。
http://rrt.hateblo.jp/entry/2014/05/19/154134
http://totora0155.hatenablog.jp/entry/2013/02/28/165915
http://wazly.blog87.fc2.com/blog-entry-23.html
これ以外にも、「ペンタブレット ドライバ 動作しない」とか、「wacom ペンタブレット 不具合」などで検索し、その中から該当しそうなものを探してみたらどうでしょうか。
あとは想像ですが、使っているPC にペンタブレット用のアプリがインストールされているというようなことはないのでしょうか。
もしあれば、Wacom のものと競合しているという可能性も考えられるますので、PC
の説明書などで確認してみたらどうでしょうか。
また、ファイヤーウォールなどを含めセキュリティソフトとの関係があるのかもしれません。
ネットから切断した状態でファイヤーウォールなどを含めセキュリティソフトを停止させ、この状態で不具合の発生を確認してみたらどうでしょうか。
これが原因と分かれば、wacom かセキュリティソフトメーカーに対策を確認すればいいと思います。