セキュリティソフトの場合は、併用は避けたほうが無難ですが、通常は別のセキュリティソフトをインストールすれば、Windows Defenderは自動で無効になる(ならいものもある?)と思います。
これとは違い、サーバー側で管理されているメールチェックであれば、セキュリティソフトとの併用は可能だと思います。
ただ、たとえばサーバー側でチェックされ削除されたものはユーザーに配信されないということもあるので、どのようなチェックが行われどのように処理されるかは、プロバイダーのサポートサイトで確認するとか、併用のことも含めてサポートに問い合わせてみたらどうでしょうか。
Windows Defenderについては、これを使っていないため詳細不明ですが、下のサイトを参考にしてください。
Windowsパソコンに標準で付いているウィルス対策ソフトの性能
私の場合は、プロバイダー側の対策、メールソフト(Thunderbird)の対策、セキュリティソフト(McAfee)の対策が使えますが、McAfeeでメールを対象にリアルタイム保護する機能が選択できるので、これを有効にして他は使用していません。
PC環境や使い方にもよりますので、どうするかは人それぞれだと思います。