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C:\ ユーザー(Users)%username%\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs*Startup*
上のスタートアップフォルダーは実体が「Startup」で、表示上は「スタートアップ」になる特殊フォルダーです。
\Start Menu\Startupの方を削除して消えたということですから関係ないと思いますが、共通のスタートアップフォルダー、C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Start
Menu\Programs\Startup
の方もスタートメニューに表示されます。
スタートボタンから「すべてのプログラム」を右クリックして「開く‐All Users」で開いてから辿っていくか、Cドライブから順に辿っていって確認できます。
「Startup」フォルダーが作られた原因はよくわかりませんが、何か出来の悪いアプリで作られてしまったのか、desktop.iniが壊れたとか書き換えられたのか、あるいはウィルス感染の可能性もあるのかもしれません。