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ご確認、ご回答ありがとうございます。
回答が遅くなり申し訳ありません。
ウィンドウのサイズ変更はしたくありませんのでご教授いただいた方法以外での解決を考えたいと思います。
またウィンドウが非アクティブになってしまうという理由でも無さそうです。
再現時はエクスプローラは非アクティブのはずです。
(暫く他のアプリで作業してからエクスプローラを見ると問題が発生している場合がある。)
再現の条件かどうかは不明ですが、一点質問の内容で正確ではない内容がありました。
最初に起動するエクスプローラは自分のパソコンのディレクトリを開いていますが、
2番目に起動するエクスプローラはネットワーク上の別のパソコンのディレクトリを開いていました。
使い辛いだけであり致命的な問題ではありませんので、
このまま使い続けて、トリガ等分かりましたら再度投稿させていただこうと思います。