mariokaEH さん、こんにちは。
マイクロソフト コミュニティをご利用いただき、ありがとうございます。
アプリに関わらず Microsoft IME が無効と有効を繰り返し、画面も点滅するということでしょうか。
また、言語の詳細設定を変更しても変化がないのですね。
もし Microsoft IME 以外の日本語入力システムもインストールしている場合は、その日本語入力システムの再インストールをお試しください。
参考ページ Windows 10 で発生している他社製 IMEの問題について
特に他社製 IME を試用していな場合は、要因の切り分けを行ってみてはいかがでしょうか。
よろしければ次の内容をお試しください。
1. \[クリーン ブート\] で常駐アプリケーションを一時的に停止して動作を確認する
(バックグラウンドで動くプログラムが IME の動作に影響していないか切り分け・あとで元の設定に戻してください)
2.\[新規ユーザーアカウント\] で起動し、同じく動作を確認する
(特定のユーザー アカウントのみの現象か切り分け)
3. 必要最小限の構成で起動する [セーフ モード] にして動作を確認する
また、ご利用の Windows 10 のバージョンも追加で書き込んでいただければと思います。
※参考ページ Windowsのバージョンとビルド番号を確認する方法<Windows 10> 【動画手順付き】
操作などで不明点がありましたら、それもお気軽に書き込んでくださいね。