垂直同期をとって画面更新をする設定の場合、1フレームごとに割込みが発生するわけでして、複数のディスプレイを別々の垂直同期で使っていれば、割込みの発生回数が増加して処理落ちが発生します。こればっかりは原理上どうしようもないのです。
60hzと144hzならば、全部60hzならば毎秒60回の割込みで済むのに、混在させると毎秒204回の割込みが発生するという差があるため、目に見える差が発生するのも当然と言えます。
画質を捨てて、垂直同期をとらずに画面更新させるとかしないと無理でしょう。あるいは、トリプルバッファリングをさせて割込み一回当たりの負荷を軽減するかでしょう。