使用していないので詳細は分かりませんが、<anaconda コマンドプロンプト 実行できない>などのキーワードで検索すれば多くの情報が見つかります。
解決しない場合はサポート窓口や関連フォーラムサイトがあれば相談(質問)してみたらどうでしょうか。
参考:Get in touch with the Anaconda team
(日本語対応していないかもしれません)
また、Anacondaが原因かどうかはアンインストールすれば確認できると思います。
なお、下の2つ目のサイトにあるように。アンインストール後も不具合があるのかもしれません。
また、システムの復元でインストール前の時点に戻すという方法もありますが、あまり前まで遡るとシステムの不整合を起こすことがあるので、行う場合は不具合が起きる前の時点で可能な限り直近の復元ポイントを使った方がいいと思います。