ご存知とは思いますが、Ctrl+Esc キー でWindowsキーと同じ動作をしますか?
Ctrl+Esc キーが正常にWindowsキーとして動くのであれば、サードパーティー製のセキュリティソフトなどにより、「Windowsキー」にだけ何らかの「キーボードフィルタードライバー」が割り当てられている可能性があります。以下を参考に、解除を試してはいかがでしょう。
Microsoft Learn: Windows でカーネル モード フィルター ドライバーを一時的に非アクティブ化する方法
これでだめなら、クリーンブート も試して下さい。
Ctrl+Esc キーが正常にWindowsキーとして動かないのであれば、ほぼお手上げです。
治るかどうかが不明なWindowsの再インストールぐらいしか無いと思います。