どのようなアプリでしょうか。
また、どのような方法でアンインストールしたのでしょうか。
アプリの中にはアンインストールできない(アンインストールしないほうがよい)ものもありますし、完全にはアンインストールできないものもあります。
素性の確かなアプリであればもう一度インストールしてPCを再起動し、再起動後にアンインストールして、PCを再起動してから確認してみるという方法があります。
アプリによってはアンインストールツールがあるものもありますので、アプリのサイトで確認するかサポート窓口があればアンインストール方法について相談してみてください。
<[app]に格納されているフォルダを削除>というのがよく分かりませんが、「スタートアップ」フォルダーからアプリのショートカットを削除したということでしょうか。
アプリのインストール後にアプリの設定からスタートアップ登録を行ったとか、自分で「スタートアップ」フォルダーに登録したということであれば、インストール後にスタートアップ登録を行わないとか設定から登録解除できる場合は解除してからアンインストールしてみてください。
「スタートアップ」フォルダーへの登録の有無については、下の場所を確認してみてください。
アプリによってはインストール時に自動的に登録されるものもありますし、「スタートアップ」フォルダーには登録されないアプリもあります。
上側がサインインしているユーザーに関する「スタートアップ」フォルダーで、下側がユーザー共通の「スタートアップ」フォルダーになります。
①:C:\Users\shoji**App**Data\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup
②:C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup
アンインストール後の状態について以下のことを確認して、その結果や具体的なアプリ名などの詳細を投稿すれば、アドバイスが得られやすくなるかもしれません。
確認の例:
タスクマネージャーを起動して「スタートアップ」タブを選択し、下図の緑の星印あたりを右クリックして[コマンドライン]にチェックして表示される内容でプログラムの場所を確認してみる。
あるいは、同じ「スタートアップ アプリ」タブで、個々のプログラムを選択してから右クリックして、「ファイルの場所を開く」が表示されていればクリックして実行ファイルの場所が開くので確認してみる。
質問の図にあるレジストリーの場所を確認してみる。
下のサイトにあるように、設定に表示されるものは正確ではない場合があるのかもしれません。
質問にある下の①だけではなく、下の②・③も確認してみてください。
私のPCでスタートアップ登録したアプリは①以外にありました。
①:HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
②:HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\StartupApproved\Run
③:HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\StartupApproved\StartupFolder
レジストリー操作などは行いたくないということであれば、ファイルやアプリなどを残せる条件で修復インストールを行ってみるという方法もあります。
これでも改善されなければ気にしないで放置するという選択もあると思いますが、スタートアップを悪用したマルウェアのようなものもあるということなので、面倒でも必要なデーターをバックアップしてからクリーンインストール(メーカー製PCなどの場合はメーカー指定の方法でのリカバリー)したほうがいいかもしれません。