その PC に複数のディスクが接続されていませんか? 具体的には、クリーンインストール時のインストール先ディスク選択画面で、インストール先に選択したディスクの上に、別のディスクが表示されていませんでしたか? その場合、ディスクから起動できないのは、仕様通りの正常な動作です。
Windows のインストーラーは、Windows のインストール先ディスクではなく、ディスク番号の一番若いディスクを起動ディスクとしてインストールを行います。そのため、BIOS ではインストール先ディスクを起動ディスクとしていると、起動できずに、USB から起動することになる可能性があります。
BIOS 設定でインストール先ディスク以外を Disable にするかケーブルを外すなりして、1つしかディスクが無い状態にしてから、クリーンインストールしてください。
BIOS 設定に入るキーは、Delete キー以外にも F1 や F2 の場合もあります。タイミング的にシビアなので、キーを連打していても入れないこともあります。1回試して NG だったからと諦めず、複数回リトライしてください。