>メールクライアントソフト(Thunderbird)やMacOSXの標準メールでも、IMAP+SMTPでアクセスすると同じ現象があります。
>ただし、Outlook.com に直接ログインしても、同じ現象なので、メールクライアントソフトの問題でないと思います。
確認ですが、メールクライアント側の設定で「サーバーにコピーを残す」等のチェックは外れてますか。
残さない設定にして下さい。例.下の画像はThunderbirdのものです。
参考
**Mac Mail.appを使用すると送信メールが2通できてしまう。**
ブラウザでOutlook.comへアクセスして重複したメール(各一通ずつ)を削除、その後、各メールクライアントを同期させれば消えますよね。
その後、再びブラウザでOutlook.comへアクセスして試しに送信してみて下さい。それでも同じメールが二通出来てしまうのでしょうか?