Microsoft 製品に組み込まれている Visual Basic の実装。
以下の様に「If ActiveSheet.Cells(i, 4).Value <> "" Then~End If」を追加されるとよろしいかと思います。
Sub 一覧表IDに連続番号を付ける()
k = 1
For i = 4 To 212
If ActiveSheet.Cells(i, 4).Value <> "" Then
ActiveSheet.Cells(i, 16).Value = k
k = k + 1
End If
Next
End Sub