まくりざし さん、こんにちは。
Microsoft コミュニティをご利用いただき、ありがとうございます。
ドッキングステーション利用時の過充電についてですね。
Surface Pro 3 につきましては、過充電防止の機能が備わっておりますため、
充電を続けてもバッテリーに即時に悪影響を及ぼすものではないと考えられます。
使用環境などによりバッテリーの不具合につながる可能性もございますため、
念のため、使用していない場合には可能であればドッキングステーションから外していただければと存じます。
ご不明な点がございましたら、返信にてお知らせください。
よろしくお願い致します。