M-Susさん、Surface コミュニティーへのご質問の投稿どうもありがとうございます。
Surface Pro2 をご利用頂いており、ペンの筆圧感知が画面の場所によって感度が違っているという事ですね。
私の手元にあるSurface Pro2 で OneNote を利用し試してみましたが、特に感度のむらは感じられませんでした。また、Surface Pro2 には仰るようなキャリブレーションの操作はございません。
お試し頂くとしたらツーボタンによるシャットダウンや、リフレッシュ・リセットになりますが、仰る通りお使い頂いているSurface Pro2のハード不良である可能性も高いと思われます。よろしければ、一度サポート窓口へご相談頂ければと思います。
また、もし保護フィルムを液晶に貼られておりましたら、そちらの貼り方によって表面にむらが出て発生する可能性はあると思います。よろしければ、そちらも一度確認くださいね。
それでは、少しでもお役に立てましたら幸いです。