Outlook Expressのフォルダ階層を管理しているFolders.dbxが破損したのかもしれません。
Documents and Settings<プロファイル名>\Local Settings\Application Data\Identities{GUID}\Outlook Express
この中にFolders.dbxファイルがありますので、Outlook Expressを閉じた状態で、別の名前に変更してみて下さい(例:Folder.bak)。
このとき他の消えてしまったフォルダ.dbxファイルが存在しているかもあわせて確認してみてください。
もし、場所が見つからない場合には、Outlook Expressの[ツール][オプション]の[メンテナンス]タブの中の、[保存フォルダ]ボタンをクリックすると保存場所が表示されますので、コピーしてエクスプローラのアドレス欄に貼り付けると開くことができます。
Folders.dbxの破損だけであれば、上記作業後Outlook Expressを起動すれば、[ローカルフォルダ]の下にすべてのフォルダが復元されますので、必要に応じてフォルダを移動してください。