すべての ソフトウェア で 問題の現象が発生しているのでしょうか?
基本的には 通常は、 C Drive 以外の 内蔵 Hard Disk Drive に Install した場合も、
プログラムと機能 の 削除のリスト、スタートメニュー のすべてのプログラム、
それぞれに登録されます。
プログラムと機能 に表示されない、 スタートメニュー のすべてのプログラムに表示されない、
というのが、 特定のプログラムで発生している問題であれば、 その特定のプログラムに依存する可能性があると思います。
問題のプログラムの販売元に問い合わせてみてはいかがでしょうか。