kenchikuya さん、こんにちは。
良いアドバイスを貰えるように、もう少し情報を投稿してみてはいかがでしょうか。
・ いつからこのような現象が発生しているのか(アプリケーションのインストールやシステム変更は無かったか)
・ Excel のファイルが保存されているフォルダーはどこか
・ 昇順表示に設定する際の手順
・ 別のフォルダーでの昇順表示はどうか
・ 「完全に昇順にならない」について、具体的にどういう並びになり、意図したものとどのように違うのかを詳細に
・ 「名前」以外の昇順表示はどうか(更新日や種類、など)
原因の切り分けにあたって、最小構成である セーフ モード で動作確認してみるのも良いかもしれません。
http://windows.microsoft.com/ja-JP/windows7/What-is-safe-mode
確認された結果を返信してみてくださいね。