ファイルだけ消してもアンインストールしたことになりませんので、インストーラーのあるアプリをそういう方法で消すことは避けましょう。
レジストリなどに情報が残っているので、インストールされていると認識されてしまいます。
こうなると、最悪はあきらめるしかありません。
可能性があるとすれば、その状態からインストーラーを実行して、修復などを行うことです。
それでうまくいかないのであれば、インストール情報のレジストリを削除するなどですが、具体的にどこを消せばよいかはコメントできかねます。それでも、どうしても解決したいならば、リカバリーという可能性も出てきますが、大げさな気もしますね…。