aki-hiro さん、こんにちは。
マイクロソフト コミュニティをご利用いただき、ありがとうございます。
Windows Storage Server 2003 の C:\WINDOWS\Temp にある .NET に関するファイル削除のお話ですね。
手元に Windows Storage Server 2003 がないので、Windows 7 Professional 64 bit で同じパスを辿ってみました。
ASPNETSetup_xxxxx.log が複数ありましたので、こちらを削除しパソコンを再起動してみたのですが、通常通りに利用はできました。
すでにご存じのように Temp フォルダーは、プログラムの作業用フォルダーになるので影響はないと思います。
実際に Windows Storage Server 2003 を利用している方からのアドバイスをいただくのでしたら、企業の管理者方が利用する TechNet フォーラムも利用してみてはいかがでしょう。
TechNet フォーラムに Windows サーバー 2003 全般 がありますので、こちらに Windows Storage Server 2003 を利用している方の投稿がありました。
参考になさってください。