具体的にはどのような画面でどのような文字化けが起こりますか?
アプリケーションのメッセージ表示の文字化けということですが、Windows標準の画面でもアプリケーションの画面でも現象は発生するかなど、もうすこし状況が分かれば経験者からアドバイスが得られる可能性があります。
VB6のアプリであればVB6JP.DLLがないとか(これだとアプリ全体が文字化けしそうですが)、コモンダイアログのDLLが英語版に置き換わっているなども考えられるかもしれません。
sfc /scannowでシステムファイルのチェックを行ってみるのもいいかもしれません。
[参考]
システム ファイル チェッカー ツールを使用して、Windows Vista または Windows 7 の不足しているシステム ファイルまたは破損しているシステム ファイルのトラブルシューティングを行う方法
http://support.microsoft.com/kb/929833/ja
※ちなみに、ボリュームライセンス版のWIndows 7 EnterpriseやProfessionalでも、OS自体のウィンドウでそうのような現象は見かけたことがあえません(個別のアプリの問題は分かりませんが)。