2x3ame さん、こんにちは。
返信ありがとうございます。
システム ファイルチェッカーという作業で、問題が検出されなかった場合は、手動で Windows のシステムを修復するのは難しいのかなと思います。
ただ、ご利用されている MP560 について調べていく中で少し気になった点がありました。
こちらのページ でスキャン ドライバの項目に (Windows Vista またはWindows XP のみ) と書かれています。
スキャン ドライバーが対応していないのか、 WIA が対応していないのかは分からないのですが、どうやらペイントで [カメラまたはスキャナから取り込み] を使用するには WIA に対応している必要があるようです。
(・参考ページ ※Windows XP のページですが。。)
ドライバーの ダウンロード ページ には特に何も書かれていないのですが、Windows 7 にアップグレードしてから、ペイントでのスキャン機能が利用できなくなったということからも Windows 7 への対応状況が気になるため、一度プリンター メーカーへ確認してみてはいかがでしょうか。