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・こちらをご覧ください。
【 PC を復元、リフレッシュ、または初期状態に戻す方法 】
http://windows.microsoft.com/ja-JP/windows-8/restore-refresh-reset-pc
上記URLの 「ファイルに影響を与えずに PC をリフレッシュする」 を参照してください。
「警告」 に 「PC に付属していたアプリや Windows ストアからインストールしたアプリは再インストールされますが、他の Web サイトや DVD からインストールしたアプリは削除されます。 PC のリフレッシュ後に、削除されたアプリの一覧がデスクトップに表示されます。」 とあります。
削除されたアプリは Installするしか方法はありません。