uham さん、コメントありがとうございます。
kota_872 さん、こんにちは。
マイクロソフト コミュニティをご利用いただき、ありがとうございます。
MSComm コントロールを利用して基盤に命令を送る際に、OS によって作業にかかる時間に差がでる、という状況なのですね。
どこに原因があるか、まだ判断ができない状況なので、切り分けを行ってみてはいかがでしょう。
具体的には、以下の作業を試してみるとよいと思います。
・Visual Basic 6.0 を使わずに、作業を行う。
・ケーブルを交換する。
・動作に時間のかかる Windows 7 とは別の PC (Windows 7、Windows Vista、Windows XP ) で作業を行う。
なお、OEM 製品でも Microsoft のサポートはご利用可能ですよ。(有償サポートです。)
もし、お問い合わせいただく場合は、以下のページを利用すると良いと思います。
※ 今回のケースだと現象が発生している PC は、Windows 7 なので、Windows 7 を選択します。
よければご活用ください。