ファイルによっては、その保存場所がレジストリ中に記録されている物があります。その様なファイルを、レジストリを修正せずに移動すると、ファイルが見つからなくなり、その様な現象になる可能性があります。保存場所の変更は、レジストリを直接弄らなくても、そのアプリの設定変更で出来る場合もあります。
実際にどの様なフォルダーを移動させたのか分からないので、修復方法等、これ以上の情報は、それだけの情報だと難しいと思います。使用している PC のメーカー名・型名と、移動させたフォルダー名を記入すれば、もう少し有効な情報を得られると思いますよ。