・sakana526氏が書いていますが、64bit版のOSでは正常な状態です。
無論、Program File(X86)、Pogram Files 共に削除してはいけません。
こちらをご覧ください。
【 Program Files(x86)フォルダとC:\Program Filesフォルダがあるが違いは?】
上記URLに以下の記述があります。
64bit版のWindows7の場合、Windows7をインストールしたドライブに\Program Files(x86)フォルダと\Program Filesフォルダが作成されている。
基本的に64bit対応のプログラムがProgram Filesに、32bit対応のプログラムはProgram Files(x86)にそれぞれインストールされる。
プログラムを新規インストール時にインストーラーが判断し、インストール先を振り分けるので64bit対応アプリかどうかの目安程度にするのがよい。