こんにちは
まず最初にRuntimeエラーが発生する原因は仰る通り特定のアプリケーションエラーだと思われます。
・Microsoft Visual C++ 2005 SP1 x64
・Microsoft Visual C++ 2005 SP1 x86
・Microsoft Visual C++ 2008 SP1 x64
・Microsoft Visual C++ 2008 SP1 x86
・Microsoft Visual C++ 2010 SP1 x64
・Microsoft Visual C++ 2010 SP1 x86
これらはプログラムをアンインストールやインストールするとそのまま残る場合と一部は消える場合がありますが消えるのは代替え交換されて別のバージョンに置き換わりインストーラーファイルがC:¥の中に保存されます。なのでこれらを直接触らなくても大丈夫ですし仮に触っても再インストールされると思われます。
もしも対策される時は重要なデータを先にメディア等にバックアッされて保管して置いてから「クリーンブート」にてパソコンを再起動してWindowsのサービスだけを有効にしても発生するのかを取り敢えず確認してみましょう。(Windowsのサービスをすべて隠す☑入れる)
問題のアプリケーションを特定できたかをお知らせくださいね、よろしくお願いします。