署名まで複製されているので、後に認識された(起動ドライブではない)方のドライブが「オフライン」になっているのではないでしょうか。
多分、本当にやりたいのは「SSDから起動して、HDDはデータ用として再利用」だと思います。
BIOS(ファームウェア)で起動順序指定があると思いますので、そちらを弄ってみてください。
署名の衝突でオフラインになっているドライブは、ウィンドウズキー押しながら[x]から、「ドライブの管理」を呼び出して、そこからオンラインに持っていけるはずです。
が、おそらく、Windowsが入っているディスクは初期化できないと思います。
EaseUsのパーティション操作ツールあたりを使っちゃうのが早くて簡単ですかね。
お早い解決をお祈り申し上げます。