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自己解決しました。
原因はユーザーライブラリで、ライブラリに登録されているものがリンク・ショートカット的な情報ではなく、実体として扱われてしまうことが要因でした。
とあるユーザーのライブラリの中に各ドライブのフォルダが登録されていたため、約6TBのデータをバックアップ対象としていたようです。
マルチユーザー環境では、他のユーザーライブラリにも気をつける必要があるようです。
また、アプリケーションによっては、専用ユーザーを作成し、専用ライブラリを持ち、システム内の対象ファイルを片っ端からライブラリ登録する物があるので、気をつける必要があるようです。