「Microsoft Expression Encoder 4」については、ダウンロードセンターに次のものが見つかりましたが、これでは機能不足ということでしょうか。
使っていないため詳細不明ですが、「Microsoft Expression Encoder 4」あるいは、「Microsoft Expression Encoder 4 SP1」がインストールされた環境に「Microsoft Expression Encoder 4 SP2」を適用できるようです。
Microsoft Expression Encoder 4
Microsoft Expression Encoder 4 SP1
Microsoft Expression Encoder 4 SP2
また、もっぱらMPEG2 を扱っていてMP4 のことは詳しくわかりませんが、たまにデジカメで撮った動画(MP4)の編集に、下のサイトで説明されているアプリを使っています。これは変換もできるようです。
変換は行ったことはありませんが、再生にはWindows Media Player を使っています。
私の環境(Windows 7 64bit)では少し古いバージョンですが、avidemux_2.6.8_win64_v2
を使っています。
インストールするときは、本家とミラーサイトでファイル容量が違いますので、下にも書いたようにバンドルソフトの有無に気を付けてください。
mp4,flv,mkv,mpeg 編集・変換:Avidemux
>間違いなくMP4へ変換でき支障なく再生可能な安全かつ信頼性のあるソフト<
ということですが、キャプチャー・録画 → 編集・変換(あるいは変換・編集)→ 再生 の各過程での相性的なものもあり、時に音づれが起きてしまったり、MPEG2(DVD)の場合はPC では再生できるのに家庭用プレーヤーでは再生できないということも起きるというように、PC 環境や使用目的によって適否は変わりますし、ネット情報は信用できないということも分かりますが、フリーソフトであれば、使用した人の評価が書かれているものもありますので、これらも参考にして試してみたらどうでしょうか。
ただし、動画関係のものにはあやしいものが多いので、窓の杜とかVector といった信頼できるサイトを利用し、インストール時にも余分なアプリ(バンドルソフト)がインストールされないよう気を付ける必要があります。
フリーソフトの場合は特に注意が必要ですが、ネットからダウンロードするものは有料だからといっても安心はできません。