> microsoftから、ウイルスに感染していますというメールが届きました。
・Microsoft社からその様なMailが送信されることはありません。
Microsoft社からと称するMailを受信した場合は まずは疑ってください。
開く前に Microsoft Community で問い合わせてください。
> そのメールを開いたあと、他のメールも多数消えてしまいました。
・「他のメールも多数消えてしまいました」 とありますが、そのMail とは関係ない別な現象でしょう。
お使いのメーラーは何でしょうか?
「他のメールも多数消えてしまいました」 については 然るべきカテゴリー で新規に質問してください。
(例えば Microsoft officeであれば [Office]カテゴリです。)